La reina Elizabeth I de Inglaterra (Cate Blanchett) debe enfrentarse a la traición en el seno de su familia y a las brutales intenciones que tienen de apoderarse de su trono. Elizabeth es consciente del cambio religioso iniciado en el siglo XVI en Europa. El poderoso rey español Felipe II viendo a la Inglaterra protestante como una amenaza, y en represalia por el asalto y saqueo de piratas ingleses a barcos españoles cargados de tesoros provenientes de las Américas, está decidido a restaurar el catolicismo en Inglaterra con la ayuda de su ejército y su invicta armada. Mientras la Reina estudia cuál es su mejor opción en el extranjero, su consejero de confianza, sir Francis Walsingham (Geoffrey Rush), manipula a la corte con maestría y trabaja para consolidar la monarquía absoluta. Apoyado por su complicada red de espías, Walsingham trama el asesinato de Elizabeth.