En 1969, un letal virus con características parecidas al Ébola se esparce en la pequeña localidad de Motaba, en Zaire, África. Para contenerlo, el General Mayor Donald McClintock (Donald Sutherland) decide bombardear la rivera del río Motoba pues de esta manera se elimina la sepa del virus de una vez y para siempre.

25 años más tarde, el virus parece haber renacido en Motoba y al Coronel Sam Daniels (Dustin Hoffman) se le asigna la tarea de buscar una solución. Al regreso de su viaje exploratorio, Daniels le reporta al general Brigadier Billy Ford (Morgan Freeman) lo que sucedió y éste, al ser uno de los primeros en investigar el virus junto con el General McClintock, le asegura que no hay manera de que el virus cruce el océano, pues no se transmite a través del aire.

Sin embargo, la situación se complica cuando un mono infectado es enviado a Estados Unidos y el animal lleva consigo la terrible enfermedad. A los pocos días, los síntomas comienzan a manifestarse en el estado de California y se descubre que el virus ha mutado y ahora es más nocivo aún. Ahora Sam deberá unir fuerzas con el Brigadier Ford y con su ex esposa Robby Keough (Rene Russo) para encontrar una cura para el virus.