Dos años después que Mystery Inc. tuviera que cerrar sus puertas a causa de una lucha de egos, Scooby-Doo (Neil Fanning) y sus amigos Fred (Freddie Prinze Jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Shaggy (Matthew Lillard) y Velma (Linda Cardellini) son invitados individualmente a la misteriosa Isla Spooky, por su dueño, Emile Mondavarious (Rowan Atkinsonb).

En la isla hay un parque de diversiones que afecta de manera muy particular a sus visitantes, y Emile sólo quiere descubrir qué se esconde detrás de esos incidentes. El problema es que la tarea de resolver este caso es muy grande para realizarla individualmente, así que nuestros protagonistas tendrán que unir esfuerzos y nuevamente Mystery Inc. se embarcará en una aventura como un equipo de investigación, para así llegar al fondo del misterio.